Thị trấn Yên Mỹ là nơi buôn bán và trung chuyển lớn của các mặt hàng nông sản của huyện, đặc biệt là gạo. Ngoài ra nơi đây còn là nơi phát triển của nhiều nghề truyền thống khác như làm giò...Hiện nay việc buôn bán của các tiểu thường các mặt hàng nhu yếu phẩm phát triển mạnh.

Thị trấn còn là nơi hoạt động của các công ty trong khu công nghiệp Phố Nối B.